一、关于外籍员工福利个人所得税问题
1、在A公司列举的的福利项目当中，免费公寓住宿不涉及外籍员工个税，员工本人的语言培训费、因工作安排而发生的交通费（差旅费）及子女教育相关费用可在申报时申请免税；
2、境外母公司向员工发放的福利，境外支付的来源于境外所得，不涉及免税福利政策，应并入该员工当月工资总额申报个人所得税。只要该员工在境内停留时间累计超过183天，则境外母公司支付的福利不能享受税收协定免税待遇。
以下是具体分析：
1、境内公司提供的福利的免税政策享受及个税申报
根据《企业所得税法实施条例》三十四条，外籍员工因受雇取得的各种形式的奖金、补贴等福利均需作为其工资薪金,因此境内公司提供给外籍员工及其家属的福利，只要直接向该员工支付，则均属于向员工发放的工资薪金的一部分；若公司未通过员工账户而直接将福利支付给员工家属，则该费用存在被认定为与企业经营无关的支出而不能税前列支的风险。
根据财税字[1994]20号文第二条，外籍员工可享受住房补贴、伙食补贴、搬迁费、洗衣费、境内外差旅补贴、探亲费、子女教育费等补贴的免税优惠，且没有限额规定。
注：以上免税项目的含义可参考国税发〔1997〕54号文的解释，我们建议A公司关注以下福利的解释：
住房补贴：根据财税外字[1988]第21号文的规定，外商投资企业租房或购买房屋免费供外籍职员居住，按规定取得发票，可免征个人所得税；而如果将住房费定额发给外籍职员，应计入员工工资、薪金所得。
差旅费：对外籍个人按合理标准取得的境内、外出差补贴免征个人所得税，应由纳税人提供出差的交通费、住宿费凭证（复印件）或企业安排出差的有关计划。
因此，A公司向外籍员工提供免费公寓，不涉及个人所得税；对于其他补贴，我们分析如下：
可免征项目 | 理由 |
语言培训费 | 符合外籍个人免税补贴规定，需要取得合规发票 |
差旅费 | 符合外籍个人免税补贴规定，需要取得合规发票，并提供差旅安排资料 |
子女教育费（学费、交通车费） | 与子女教育相关，取得合规发票可免征个税 |
不可免征项目 | 理由 |
员工医药费 | 已购买社保，则员工医药费报销需并入工资 |
家属医药费 家属交通费 员工非差旅交通费 | 与企业经营无关，若发放则需并入工资,并且存在所得税税前扣除的风险，建议以员工补贴形式发放。 |
A公司每月为该外籍员工进行个人所得税申报时，对于享受免税政策的福利，其金额不需要并入员工工资总额。由于外籍个人免税补贴适用广州地税备案类减免税费规定，A公司可按穗地税发[2009]222号第一条规定的资料要求，广州地税局网上备案或者税局前台办理备案；对于不能享受免税政策的福利，其金额应并入当月工资总额申报个税。
2、境外公司提供福利的税务处理
对于境外公司向该员工提供的福利，实务中不对该所得是否为福利而做出区分，均应视作该员工的境外所得。
根据《个人所得税法》第一条、国税发[1994]148号文，外籍人员在中国工作期间取得的境内、外所得，均需作为该员工在境内计算个人所得税的依据，同时根据《中华人民共和国政府和日本国政府关于对所得避免双重征税和防止偷漏税的协定》的规定，外籍员工境内外所得应纳税额计算方式与其境内居住时间有关：
居住时间 | 应纳税额 |
不超过183天 | =（当月境内外工资薪金应纳税所得额×适用税率-速算扣除数）×当月境内支付工资÷当月境内外支付工资总额×当月境内工作天数÷当月天数 |
超过183天，不满1年 | =（当月境内外工资薪应纳税所得额×适用税率-速算扣除数）×当月境内工作天数÷当月天数 |
超过1年不满5年 | =（当月境内外工资薪应纳税所得额×适用税率-速算扣除数）×[1-(当月境外支付工资÷当月境内外支付工资总额)×(当月境外工作天数÷当月天数）] |
满5年以上（居住满一年） | =当月境内外工资薪应纳税所得额×适用税率-速算扣除数 |
A公司在为外籍员工申报个人所得税时，可按该员工在中国境内实际停留时间选用对应的公式计算其应纳税额。
二、关于代扣代缴个人所得税手续费返还
A公司依法代扣代缴员工个人所得税，根据财行[2005]365号文第一、第二条，可申请代扣缴税款金额的2%手续费返还。A公司可准备税务登记证、代扣代缴税款完税证明等材料到主管税务机关填写《代扣、代收和代征税款手续费申请表》进行手续费返还申请。
在取得手续费返还以后，根据财行[2005]365号文第六条第（六）款，可作为企业收入，也可作为相关人员的奖励。若A公司将手续费返还作为相关人员的奖励，根据财税字[1994]20号文第二条第（五）款，免征个人所得税。
三、关于职工教育经费问题
不计提职工教育经费存在一定法律风险，但风险不大；会计上没有设置职工教育经费的计提比例上限，但税务上存在扣除限额，8%扣除比例限额仅适用于已取得高新技术认定的企业，A公司未通过高新认定，仍然适用2.5%扣除限额。
根据《就业促进法》第六十七条规定，企业未按照国家规定提取职工教育经费，或者挪用职工教育经费的，由劳动行政部门责令改正，并依法给予处罚。因此A公司若不按国发[2002]16号文第19条规定计提和使用职工教育经费，存在一定法律风险，考虑到其金额一般不大，重要性程度不高，风险较小。
而关于计提比例的问题，财税[2015]63号文第一、二条，可享受8%职工教育经费比例的企业是指注册在中国境内、实行查账征收、经认定的高新技术企业。A公司目前尚未申请高新技术企业资质，不能享受8%职工教育经费扣除比例，即使计提比例已达到8%，在汇算清缴时仍需进行纳税调增，最多按2.5%在当期扣除，超出部分可在结转至以后年度扣除。